Le Dr Dupré a apporté d’importantes contributions dans les domaines des médecines neuromusculaire et neurogénétique, tant à l’échelle nationale qu’internationale. Il a publié plus de 100 articles examinés par les pairs et cinq chapitres de livres.
Il est actuellement directeur de la Clinique des maladies neuromusculaires et neurogénétiques du CHU de Québec-Université Laval, qui prend soin de milliers de patients de l’est du Québec atteints de maladies rares et répandues du système nerveux. Le Dr Dupré a participé à la découverte, en 2008, associant le gène TDP-43 à la SLA. De plus, il a participé à la mise sur pied de la clinique de la SLA au CHU de Québec, qui offre des soins aux patients de l’est du Québec.